1.头部：脑出血，脑梗塞，动脉瘤，血管畸形，各种肿瘤，外伤，出血，骨折，先天畸形等；
2.胸部：肺、胸膜及纵隔各种肿瘤，肺结核，肺炎，支气管扩张，肺脓肿，囊肿，肺不张，气胸，骨折等；
3.腹、盆腔：各种实质器官的肿瘤、外伤、出血，肝硬化，胆结石，泌尿系结石、积水，膀胱、前列腺病变，某些炎症、畸形等；
4.脊柱、四肢：骨折，外伤，骨质增生，椎间盘病变，椎管狭窄，肿瘤，结核等；
5.骨骼、血管三维重建成像：各部位的MPR、MIP成像等；
6.CTA（CT血管成像）：大动脉炎，动脉硬化闭塞症，主动脉瘤及夹层等；
7.其他：眼科及眼眶肿瘤，外伤；副鼻窦炎、鼻息肉、肿瘤、囊肿、外伤等。
由于CT的高分辨力，可使器官和结构清楚显影，能清楚显示出病变。在临床上，神经系统与头颈部CT诊断应用早，对脑瘤、脑外伤、脑血管意外、脑的炎症与寄生虫病、脑先天畸形和脑实质性病变等诊断价值大。在五官科诊断中，对于眶内肿瘤、鼻窦、咽喉部肿瘤，特别是内耳发育异常有诊断价值。
在呼吸系统诊断中，对肺癌的诊断、纵隔肿瘤的检查和瘤体内部结构以及肺门及纵隔有无淋巴结的转移，做CT检查做出的诊断都是比较可靠的。
随着增强CT检查技术的推广与应用，腹部良、恶性肿瘤的诊断与鉴别诊断也越来越可靠。
随着设备扫描速度的提高、计算机技术的发展及新检查技术的应用，CT对心脏冠状动脉、头颈部动脉、胸腹主动脉、髂动脉及下肢动脉等血管疾病的诊断具有非常重要的价值，尤其是双源CT的诞生，将心脏冠状动脉CTA检查技术推向了一个新的高度，与DSA的符合率达到了90%，成为相关疾病术前无创检查的首选。